Diagnostyka laboratoryjna zaburzeń ze spektrum autyzmu

Cechy autyzmu u poszczególnych pacjentów są różne i obejmują szeroki zakres problemów neuropsychicznych. Z tego powodu w klasyfikacji zaburzeń psychicznych Amerykańskiego Towarzystwa Psychiatrycznego (Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders – DSM-5) zaproponowano szerszy termin – zaburzenia ze spektrum autyzmu.

Przyczyny autyzmu

Przyczyny i patomechanizmy autyzmu nie zostały jeszcze dokładnie poznane. Przypuszczalnie u większości pacjentów autyzm uwarunkowany jest wieloczynnikowo, tzn. w jego rozwoju odgrywają rolę zarówno czynniki genetyczne, jak i środowiskowe. W ostatnich kilkunastu latach dokonano znaczącego postępu w badaniach genetycznych, wykazując związek ponad 100 różnych genów z ryzykiem rozwoju zaburzeń ze spektrum autyzmu. Obecnie szacuje się, że czynniki genetyczne przyczyniają się do rozwoju autyzmu w 40—80%, a za pozostałą część ryzyka odpowiadają prawdopodobnie czynniki środowiskowe.

Większość genów związanych z autyzmem koduje polipeptydy należące do jednej z dwóch grup:

• białka połączeń nerwowych (synaps), odpowiedzialne za przekaźnictwo nerwowe,
• białka odpowiedzialne za metabolizm chromatyny (zawierającej DNA upakowany w chromosomach); „rozpakowując” poszczególne odcinki DNA, białka te mogą regulować ekspresję (tzn. aktywność) innych genów, m.in. biorących udział w procesach rozwoju układu nerwowego.

Wśród potencjalnych czynników środowiskowych, związanych z autyzmem wymienia się m.in. narażenie na określone czynniki zakaźne lub toksyczne w okresie rozwoju płodowego. Jednym z takich czynników jest kwas walproinowy. To lek stosowany w leczeniu padaczki, zwiększający aktywność enzymu, który zwiększa upakowanie DNA i ogranicza ekspresję genów. Ten przykład pokazuje potencjalną zbieżność czynników genetycznych (wrodzonych mutacji genowych) i środowiskowych (epigenetycznych), których wspólnym efektem może być zaburzenie ekspresji genów w rozwijającym się mózgu.

Spośród wszystkich znanych i podejrzewanych genetycznych lub środowiskowych czynników ryzyka żaden nie przeważa znacząco pod względem częstości występowania nad innymi, a obraz kliniczny zaburzeń ze spektrum autyzmu różni się znacznie między poszczególnymi pacjentami. Sugeruje to zatem, że autyzm nie stanowi swoistej jednostki chorobowej, a jest raczej wspólnym objawem niejednorodnej grupy chorób o różnej etiologii. Przemawia za tym także częste współistnienie z autyzmem (u ponad 70% pacjentów) innych zaburzeń, co wskazuje, że choroby te mają złożoną patofizjologię, obejmującą nie tylko trudności w kontaktach społecznych, ale także nieprawidłowe funkcjonowanie w innych sferach psychicznych, a często również nieneurologiczne objawy somatyczne (np. ze strony przewodu pokarmowego). Taka koncepcja autyzmu może mieć ważne znaczenie dla opracowania w przyszłości skutecznych metod zindywidualizowanej terapii np. w zależności od mutacji konkretnego genu.

Zaburzenia współistniejące z autyzmem

Do najczęstszych zaburzeń współistniejących z autyzmem należy niepełnosprawność intelektualna, rozumiana najczęściej jako ograniczona zdolność myślenia abstrakcyjnego i obniżony iloraz inteligencji.

Zaburzenia ze spektrum autyzmu u osoby bez niepełnosprawności intelektualnej określa się mianem zespołu Aspergera. Osoby z tym zespołem często jednak wykazują inne współistniejące zaburzenia, np. zespół nadpobudliwości psychoruchowej z deficytem uwagi (attention deficit hyperactivity disorder – ADHD).

Wiele z tych zaburzeń może za pośrednictwem różnych mechanizmów przyczyniać się do pogorszenia zdolności nawiązywania i podtrzymywania kontaktów społecznych, pogłębiając problemy wynikające bezpośrednio z autyzmu. Na przykład niedosłuch i/lub niedowidzenie mogą osłabić zdolność interakcji z innymi osobami. Łatwo rozpoznać całkowitą utratę wzroku lub słuchu, ale dużo trudniej jest zauważyć częściowe zaburzenia – może się wydawać, że dziecko widzi i słyszy normalnie, a w rzeczywistości ma trudności np. z rozpoznawaniem twarzy z dalszej odległości. Podobnie łatwo jest wysunąć podejrzenie padaczki, obserwując uogólnione napady drgawkowe, podczas gdy nawracające napady nieświadomości mogą być bardzo długo interpretowane jako brak uwagi, rozkojarzenie lub zaburzenia kontaktów społecznych. Występująca często u osób z autyzmem bezsenność może być przyczyną senności w ciągu dnia i gorszego funkcjonowania społecznego. Współistniejące choroby ogólnoustrojowe mogą być przyczyną zmniejszonej aktywności i apatii wskutek ogólnego wyczerpania organizmu. Takie choroby wiążą się niekiedy z koniecznością długiej hospitalizacji, która może się przyczyniać do deprywacji emocjonalnej i pogorszenia zdolności do nawiązywania kontaktów społecznych. Właściwe rozpoznanie i leczenie współistniejących zaburzeń może się przyczynić do poprawy funkcjonowania społecznego pacjenta.

Choroby lub stany współistniejące z autyzmem mogą również występować samodzielnie, często naśladując autyzm u pacjenta, który w rzeczywistości nie wykazuje zaburzeń autystycznych.

Najczęstsze zaburzenia współistniejące z autyzmem

kategoria	zaburzenia
neurorozwojowe	opóźnienie rozwoju psychoruchowego niepełnosprawność intelektualna zaburzenia rozwoju mowy i języka (w tym afazja i dysfazja)
neuropsychiczne	zespół nadpobudliwości psychoruchowej z deficytem uwagi (ADHD) tiki (w tym zespół Tourette’a) zaburzenia snu zaburzenia zachowania (m.in. agresja, autoagresja, nieprzestrzeganie nakazów i zakazów) natręctwa i czynności przymusowe nieprawidłowe zachowania związane z jedzeniem (m.in. jadłowstręt lub nadmierny apetyt) lęk depresja inne choroby psychiczne
neurologiczne	padaczka niedowład / porażenie ataksja zaburzenia koordynacji dystonia, drżenie i inne zaburzenia ruchowe wady wrodzone układu nerwowego
dotyczące narządów zmysłów	niedosłuch niedowidzenie zaburzenia czucia powierzchownego/ głębokiego
niezwiązane z układem nerwowym	zaburzenia czynności przewodu pokarmowego (przewlekłe zaparcia i/lub biegunki, ból brzucha, refluks żołądkowo-przełykowy i inne) zaburzenia immunologiczne przedwczesne lub opóźnione dojrzewanie wady wrodzone serca, nerek i/lub innych narządów

Jak powinna przebiegać diagnostyka zaburzeń ze spektrum autyzmu?

Diagnostyka zaburzeń ze spektrum autyzmu jest wieloetapowa i powinna być dostosowana do indywidualnych cech klinicznych pacjenta oraz danych z wywiadu rodzinnego. W pierwszej kolejności należy wykluczyć choroby i stany, które można skutecznie leczyć, w tym zaburzenia naśladujące autyzm lub współistniejące z autyzmem i przyczyniające się do pogorszenia kontaktów społecznych.

Wywiad chorobowy i rodzinny

Należy zebrać dokładny wywiad dotyczący przebiegu ciąży i porodu oraz dalszego rozwoju dziecka w kolejnych miesiącach i latach życia, przebytych zakażeń, hospitalizacji, zabiegów operacyjnych itd. Należy wypytać o stan zdrowia rodziców, aktualne i przebyte choroby oraz ewentualne narażenia zawodowe. Ile razy mama pacjenta była w ciąży, czy pozostałe rodzeństwo jest zdrowe? Jeśli wystąpiły poronienia, to z jakiego powodu i w którym tygodniu ciąży? Czy w rodzinie były przypadki autyzmu, niepełnosprawności intelektualnej, padaczki itd.? Czy były przypadki niewyjaśnionego zgonu wśród dzieci lub młodych dorosłych? Pokrewieństwo rodziców lub ich pochodzenie z tej samej niewielkiej miejscowości może być przesłanką za chorobą dziedziczoną autosomalnie recesywnie.Istotne jest ustalenie potencjalnego narażenia na czynniki teratogenne w okresie rozwoju płodowego, w tym leki (m.in. kwas walproinowy), alkohol (zespół FAS), zakażenia wewnątrzmaciczne i choroby matki. Należy wypytać, czy rodzice sami nie mieli zaburzeń psychologicznych lub trudności w nauce albo nie leczyli się przewlekle w wieku dziecięcym. Na przykład, nieprzestrzeganie diety przez kobietę z rozpoznaną fenyloketonurią może być przyczyną tzw. fenyloketonurii matczynej u dziecka. Nie należy pochopnie przypisywać autyzmu powikłaniom ciąży lub porodu, które mogą wynikać z tej samej przyczyny pierwotnej, np. choroby genetycznej lub wrodzonego zakażenia. Powikłania okołoporodowe w wywiadzie nie wykluczają zasadności dalszej diagnostyki w kierunku autyzmu, o ile nie udokumentowano jednoznacznie ciężkiego i długotrwałego niedotlenienia okołoporodowego oraz wywołanych nim zmian zanikowych mózgu. W licznych badaniach naukowych prowadzonych w różnych ośrodkach na całym świecie wykluczono związek przyczynowo-skutkowy autyzmu ze szczepieniami. Związek taki może być pozorny: np. w niektórych genetycznie uwarunkowanych zespołach padaczkowych pierwszy napad może wystąpić w czasie wzrostu temperatury po szczepieniu. U dziecka z takim zespołem napady padaczkowe pojawiłyby się i bez szczepienia, np. w czasie infekcji gorączkowej lub nawet bez wzrostu temperatury.

Ogólna ocena stanu zdrowia i rozwoju psychoruchowego

Pogorszenie kontaktów społecznych i inne cechy autystyczne mogą być następstwem współistniejącej choroby ogólnoustrojowej. Niekiedy taka choroba jest znana (np. ciężka wada serca), ale często może pozostawać utajona (np. przewlekła choroba nerek, zaburzenia wchłaniania z przewodu pokarmowego). Chorobę mięśni lub nerwów obwodowych wykluczają zachowane prawidłowo odruchy ścięgniste. Cechy autystyczne mogą występować w przebiegu niektórych pierwotnych chorób mięśni (np. dystrofii mięśniowej Duchenne’a, dystrofii miotonicznej typu 1 lub choroby Pompego). Objawy neurorozwojowe są niekiedy zauważane wcześniej niż osłabienie mięśni. Z tego powodu uzasadnione może być przesiewowe oznaczenie kinazy kreatynowej (CK). Stwierdzenie zwiększonego stężenia enzymów wątrobowych (AspAT, AlAT) bez oznaczenia CK może w tych przypadkach prowadzić do błędnego rozpoznania choroby wątroby.

Niekiedy opóźnienie rozwojowe jest pozorne. Często zdarza się wiotkość łącznotkankowa, będąca zwykle cechą rodzinną. Z powodu zwiększonej rozciągliwości torebek stawowych i ścięgien dziecko ma trudności z ustabilizowaniem sylwetki, co powoduje, że może później siadać lub chodzić. Wskazówką przemawiającą za taką przyczyną może być skłonność do siniaków oraz podobne objawy u jednego z rodziców.

Wskazane są następujące badania i konsultacje:

• staranne badanie pediatryczne z oceną kamieni milowych rozwoju,
• ustalenie tempa wzrastania na siatkach centylowych,
• morfologia krwi obwodowej z obrazem odsetkowym,
• podstawowe badania biochemiczne krwi, np. mocznik, kreatynina, białko, AlAT, bilirubina, kinaza keratynowa (CK), jonogram,
• hormony tarczycowe w surowicy (TSH i fT₄),
• badanie ogólne moczu,
• pomiar ciśnienia tętniczego,
• USG jamy brzusznej,
• inne badania i konsultacje w zależności od indywidualnych wskazań.

Badania wzroku i słuchu

Badania te mają bardzo duże znaczenie i należy je wykonać także u dzieci, które wydają się słyszeć i widzieć dobrze, oraz tych, które uzyskały prawidłowy wynik przesiewowego badania słuchu po urodzeniu (niedosłuch może się rozwinąć również w późniejszym okresie życia). Częściowe niedowidzenie lub niedosłuch mogą być trudne do zauważenia nawet przez rodziców, manifestując się często jako trudności w kontakcie (dziecko może się wydawać obojętne emocjonalnie, bo np. nie rozpoznaje znajomej twarzy lub nie reaguje na swoje imię). Wzrok i słuch mogą się pogorszyć z upływem czasu, dlatego badania należy powtarzać regularnie. Zawsze należy przeprowadzić pełne badanie okulistyczne i laryngologiczne (np. nie wystarczy zbadać tylko ostrość wzroku, konieczna jest także ocena przedniego odcinka oka i dna oka).

Badanie neurologiczne

Pozwala rozpoznać liczne zaburzenia, które mogą naśladować autyzm lub z nim współistnieć, nasilając zaburzenia kontaktów społecznych. Diagnostyka neurologiczna obejmuje badanie przedmiotowe, pozwalające m.in. ocenić obniżone lub wzmożone napięcie mięśniowe, występowanie niedowładów lub zaburzeń chodu albo koordynacji wzrokowo-ruchowej oraz różne badania dodatkowe, najczęściej zapis fal mózgowych (elektroencefalogram – EEG) w kierunku padaczki i badania obrazowe – tomografię komputerową i/lub rezonans magnetyczny, pozwalające wykryć np. wady wrodzone mózgu.

Jedną z chorób, która często współistnieje z autyzmem, a niekiedy go naśladuje, jest padaczka. Napady padaczkowe mogą przybierać bardzo różną postać i nie zawsze przebiegają z widocznymi drgawkami lub takich drgawek nie udaje się zaobserwować (np. gdy napad występuje w nocy). Przesłanką za przebytym napadem może być wówczas bezwiedne oddanie moczu i/lub przygryzienie języka. W czasie napadu dziecko może nie reagować na to, co się wokół niego dzieje, może wykonywać dziwne ruchy, niekiedy występuje zwrot gałek ocznych w jedną stronę i drżenie kącika ust. Po napadzie dziecko może być bardzo senne. W miarę możliwości rodzice powinni nagrywać podejrzane zachowania dziecka na aparat komórkowy, ponieważ w czasie wizyty w gabinecie lekarzowi zwykle nie udaje się zaobserwować napadu.

Ocena neuropsychologiczna i logopedyczna

Podstawą rozpoznania zaburzeń ze spektrum autyzmu jest badanie neuropsychologiczne. Badanie to pozwala rozpoznać i ocenić również współistniejące zaburzenia poznawcze, takie jak niepełnosprawność intelektualna. Należy pamiętać, że wynik badania neuropsychologicznego mogą zafałszować współistniejące zaburzenia. Dziecko, które np. niedowidzi, ma niedowład lub wykazuje afazję, nie będzie mogło wykonać części, a nawet większości zadań, co może prowadzić do błędnej, zaniżonej oceny potencjału intelektualnego, także w sferze interakcji społecznych. Badanie neuropsychologiczne powinno być regularnie powtarzane, np. raz w roku, ponieważ wraz z wiekiem dziecka zwiększają się możliwości oceny poszczególnych domen poznawczych. Ważne znaczenie ma również wczesne rozpoznanie zahamowania lub regresji rozwoju, przemawiające za postępującym procesem chorobowym, takim jak wrodzony blok metaboliczny.

Bardzo ważne jest badanie logopedyczne, pozwalające zróżnicować dyzartrię (zaburzenia czynności aparatu głosowego) i afazję (zaburzenia przetwarzania mowy w mózgu), obejmującą trudności w wypowiadaniu słów i budowaniu zdań (afazja ruchowa) i/lub trudności w rozumieniu mowy i języka (afazja czuciowa).

Badania genetyczne

W diagnostyce genetycznej zaburzeń ze spektrum autyzmu można wyróżnić trzy filary:

• celowane badania w kierunku znanych zespołów genetycznych,
• przesiewowe badanie mikromacierzowe (array Comparative Genome Hybridization – aCGH; tzw. kariotyp molekularny) w kierunku mikroaberracji chromosomowych

Celowane badania genetyczne

Planując diagnostykę genetyczną u dziecka z autyzmem, należy dokładnie ocenić wszystkie dostępne dane kliniczne, wyniki dotychczasowych badań oraz wnioski z analizy wywiadu rodzinnego. Wśród tych danych należy poszukiwać informacji wskazujących z dużym prawdopodobieństwem na określoną chorobę, której rozpoznanie można potwierdzić za pomocą celowanego testu genetycznego. Swoiste zespoły genetyczne odpowiadają za ok. 5% przypadków zaburzeń ze spektrum autyzmu.

Na przykład, pozornie prawidłowy rozwój psychoruchowy do wieku ok. 1,5 roku, a następnie zahamowanie i regresja rozwoju w połączeniu z utratą celowych i pojawieniem się charakterystycznych stereotypowych ruchów rąk u dziewczynki wskazuje na klasyczną postać zespołu Retta i uzasadnia analizę genu MECP2. Występowanie coraz liczniejszych plam barwy kawy z mlekiem na skórze dziecka sugeruje w pierwszej kolejności nerwiakowłókniakowatość typu 1 uwarunkowaną mutacjami genu NF1. W tym przypadku można również rozważyć analizę zestawu genów, których mutacje mogą się wiązać z podobnymi zmianami skórnymi (np. dodatkowo geny SPRED1, PTPN11, RAF1, BRAF i MAP2K1). U chłopca z umiarkowaną niepełnosprawnością intelektualną, którego siostra ma trudności w nauce, mama przedwczesną menopauzę, a dziadek ze strony mamy nietypową chorobę Parkinsona z ataksją, można wysunąć podejrzenie zespołu kruchego chromosomu X i zlecić analizę regionu powtórzeń (CGG)n genu FMR1. Większość zmian genetycznych to tzw. mutacje punktowe, dotyczące pojedynczych nukleotydów i wykrywane metodą sekwencjonowania. Technika ta nie jest jednak przeznaczona do wykrywania innego typu mutacji w postaci rozległych delecji lub duplikacji, obejmujących jeden lub kilka eksonów albo cały gen. Po uzyskaniu prawidłowego wyniku analizy sekwencji danego genu należy zatem rozważyć badanie metodą MLPA, która została swoiście zaprojektowana do wykrywania dużych delecji i duplikacji. W przypadku niektórych dużych genów, takich jak DMD, którego mutacje są przyczyną dystrofii mięśniowej Duchenne’a lub Beckera, rozległe delecje i duplikacje są dominującym typem mutacji. W takim przypadku najpierw wykonuje się badanie metodą MLPA, a w razie uzyskania prawidłowego wyniku tego testu w następnej kolejności sekwencjonowanie.

Badanie mikromacierzowe (aCGH)

Badanie aCGH wykrywa aberracje chromosomowe liczbowe i niezrównoważone aberracje strukturalne o wielkości powyżej ~150 kbp (tysięcy par zasad; jedna para zasad to podstawowa jednostka budulcowa materiału genetycznego). Przykładem aberracji liczbowych (aneuplodii) związanych w części przypadków z autyzmem są m.in. zespół Downa (uwarunkowany występowaniem dodatkowego chromosomu 21 – trisomia 21) i zespół Klinefeltera (spowodowany występowaniem dodatkowego chromosomu X u chłopca/mężczyzny). Główną zaletą badania aCGH jest jednak możliwość wykrycia zespołów mikrodelecji i mikroduplikacji chromosomowych, które odpowiadają za 20—30% przyczyn genetycznych autyzmu. Zespoły te cechują się utratą niewielkiego fragmentu chromosomu (delecja) lub występowaniem dodatkowej kopii takiego fragmentu (duplikacja), a niekiedy więcej niż jednej dodatkowej kopii (amplifikacja). Niektóre częstsze zespoły mikrodelecji, np. zespół Pradera i Williego lub zespół Angelmanna (spowodowane najczęściej delecją fragmentu długiego ramienia chromosomu 15 w pozycji 15q11.2-q13, odziedziczonego, odpowiednio, od ojca lub matki), są znane od dawna. Bardzo wiele takich zespołów rozpoznano jednak i scharakteryzowano dopiero niedawno, po upowszechnieniu badania aCGH w diagnostyce genetycznej. Z tego powodu informacje na temat niektórych z tych zespołów mogą być ograniczone, uzasadniając powtórną interpretację wyników badania aCGH w przyszłości w zależności od pojawienia się nowych danych naukowych.

Regiony mikrodelecji/mikroduplikacji obejmują kilka, kilkanaście lub kilkadziesiąt sąsiadujących genów, dlatego fenotyp kliniczny jest często efektem zaburzenia czynności różnych genów. Z tego powodu mikroaberracje chromosomowe wykrywa się stosunkowo częściej u pacjentów wykazujących złożone objawy, dotyczące wielu narządów lub układów, i/lub różne wady wrodzone. Nie jest to jednak regułą, dlatego brak innych objawów niż zaburzenia ze spektrum autyzmu nie stanowi przeciwwskazania do wykonania badania aCGH. Interpretując wyniki badania aCGH, należy pamiętać, że niektóre zmiany chromosomowe reprezentują normalną zmienność populacyjną, określaną jako zmienność liczby kopii (copy number variation – CNV), a inne cechują się niepełną penetracją i/lub zmienną ekspresją. Niepełna penetracja oznacza, że dana zmiana genetyczna wiąże się z objawami chorobowymi tylko u części osób, które są jej nosicielami. Zmienna ekspresja oznacza zaś, że ta sama zmiana genetyczna może u poszczególnych nosicieli wywołać odmienne lub różnie nasilone objawy. Wykrycie takiej samej mikroaberracji u dziecka z autyzmem i jego zdrowego rodzica nie wyklucza związku tej zmiany z zaburzeniami neurorozwojowymi. Możliwe, że u dziecka występują dodatkowe, nieujawnione jeszcze czynniki ryzyka, które wspólnie przyczyniły się do rozwoju zaburzeń autystycznych zgodnie z koncepcją wieloczynnikowego podłoża autyzmu. Podobnie, występowanie takiej samej mikroaberracji u dziecka z autyzmem i rodzica wykazującego zaburzenia nieautystyczne, np. chorego na schizofrenię, może odzwierciedlać zmienną ekspresję defektu genetycznego w zależności od innych czynników współistniejących u danej osoby.

Sekwencjonowanie całoeksomowe (WES)

Eksom to wszystkie eksony, czyli fragmenty DNA kodujące białka- są to wszystkie geny występujące u danej osoby. Eksom stanowi tylko ok. 1% genomu (tzn. całego materiału genetycznego), ale to właśnie w nim zlokalizowana jest zdecydowana większość mutacji patogennych. Z tego powodu w diagnostyce genetycznej wykonuje się zwykle sekwencjonowanie całego eksomu (WES), które jest znacznie szybsze i tańsze niż analiza całego genomu, a dostarcza niewiele mniej praktycznych klinicznie informacji. Badanie WES wykrywa mutacje punktowe w obrębie całego eksomu (eksony wraz miejscami łączenia eksonów [splice sites] w sąsiadujących intronach), które odpowiadają za 70—80% przyczyn genetycznych autyzmu. Bardzo duża ilość danych możliwych do uzyskania w badaniu WES jest niewątpliwą zaletą tej metody, ale równocześnie istotnym ograniczeniem, często bowiem wykrywa się warianty genetyczne, których na podstawie dostępnych aktualnie danych naukowych nie można jednoznacznie sklasyfikować jako patogenne lub niepatogenne. Interpretację utrudnia dodatkowo fakt, że, podobnie do mikroaberracji chromosomowych, wiele mutacji punktowych wykrywanych w badaniu WES cechuje się niepełną penetracją i/lub zmienną ekspresją fenotypu. Poszczególne laboratoria różnią się pod względem stosowanych algorytmów analizy złożonych danych pochodzących z badania WES. Szczególnie dokładnie analizowane są te geny, które wiążą się z występującym u pacjenta fenotypem klinicznym. Dlatego bardzo ważne jest dokładne opisanie występujących u pacjenta zaburzeń w postaci konkretnych rozpoznań, np. „zaburzenia ze spektrum autyzmu, padaczka, wielotorbielowatość nerek”. W komunikacji z laboratorium diagnostycznym bardzo pomocne może być stosowanie terminów HPO (Human Phenotype Ontology) dostępnych pod adresem https://hpo.jax.org/app/. W przedstawionym przykładzie można podać następujące terminy HPO: „autistic behavior” (HP:0000729), „seizure / epilepsy” (HP:0001250) i „polycystic kidney disease” (HP:0000113). Z każdym z tych terminów powiązane są geny, których mutacje mogą być przyczyną danego fenotypu.

Badanie WES wykrywa mutacje punktowe w eksonach (i krótkich bezpośrednio przylegających fragmentach intronów), ale nie wykrywa zmian w innych częściach genomu, w tym obejmujących sekwencje promotorowe i głębokie sekwencje intronowe. Inne zmiany genetyczne niż mutacje punktowe mogą być niewykrywalne za pomocą badania WES lub ich wykrywalność jest ograniczona. Standardem w diagnostyce rozległych delecji/duplikacji są metody aCGH i MLPA. Wykrywanie mutacji dynamicznych, analiza genów o dużej homologii (tzn. bardzo podobnych do siebie) lub detekcja zaburzeń metylacji wymagają zastosowania odpowiednich badań celowanych.

Zaburzenia ze spektrum autyzmu są najprawdopodobniej manifestacją kliniczną różnej kombinacji czynników genetycznych i środowiskowych u poszczególnych pacjentów. Ustalenie właściwego rozpoznania utrudniają zaburzenia, które często współistnieją z autyzmem lub go naśladują. Diagnostyka autyzmu powinna obejmować dokładną ocenę neurologiczną, neuropsychologiczną i logopedyczną po wykluczeniu potencjalnych chorób ogólnoustrojowych oraz niedosłuchu i niedowidzenia. Diagnostyka genetyczna opiera się aktualnie na trzech filarach, obejmujących badania celowane w kierunku znanych zespołów genetycznych, badanie mikromacierzowe (aCGH) w kierunku zespołów mikrodelecji/mikroduplikacji oraz sekwencjonowanie całoeksomowe (WES).